Η καρνιτίνη μειώνει τα επίπεδα της χοληστερίνης και των τριγλυκεριδίων στο αίμα, ενώ βελτιώνει την αναλογία μεταξύ HDL και LDL χοληστερόλης.Η πιο γνωστή μεταβολική της λειτουργία είναι η μεταφορά μακράς αλύσου λιπαρών οξέων στα μιτοχόνδρια μυϊκών κυττάρων, συμπεριλαμβανομένου και αυτών του μυοκαρδίου, για οξείδωση.